Geschichte seit der Jahrtausendwende:

Den ersten Titel des Jahrtausends holte sich der FC Slovan Liberec schon 2000, als die Liberecer das Pokalfinale gegen den heutigen Fünftligisten Baník Ratíškovice mit 2:1 gewannen.

Im Jahr 2002 wurde der FC Slovan Liberec der erste tschechische Meister, der nicht aus Prag kam. Nach 7x Sparta und 1x Slavia gelang Trainer Ladislav Skorpil der knappe, aber doch verdiente Triumph mit einem Punkt vor Sparta Prag und Viktoria Zizkov.

Infolge dessen qualifizierte sich die Liberecer Mannschaft für die Champions League. Nach einer knappen Auswärtsniederlage (0:1) gegen den AC Mailand wurde der italienische Spitzenclub am 28.08.2002 mit 2:1 besiegt. Aufgrund der Auswärtstorregel kamen die Mailänder trotzdem weiter und gewannen daraufhin die Champions League.

In der Saison 2004/05 wurden dem FC Slovan 6 Punkte nach einem ligaweiten Korruptionsskandal abgezogen. Daraufhin landeten sie nur auf dem 5. Tabellenplatz.

Nur ein Jahr danach feierte der FC Slovan die zweite Meisterschaft. Mit nur 3 Nie- derlagen und 5 Punkten Vorsprung wurde der FK Mlada Boleslav auf den zweiten Platz verwiesen. Die darauffolgende CL-Quali wurde gegen Spartak Moskau mit 0:0 und 1:2 verloren.

Im Jahr 2008 erreichte der FC Slovan wiedereinmal das tschechische Pokalfinale. Dort verlor man jedoch gegen Sparta im Elfmeterschießen.

Slovan spielte als Pokalfinalist die UEFA-Cup Qualifikation. Man verlor jedoch gegen den MSK Zilina mit jeweils 2:1.

2009 wurde der FC Slovan Dritter der tschechischen Liga. In der darauffolgenden Euro League Qualifikation wurde in der dritten Runde der FC Vaduz souverän besiegt. Im Playoff-Hinspiel gewann der FC Slovan auswärts gegen Dinamo Bukarest mit 3:0 nach einem Urteil am Grünen Tisch, denn die Bukarester Fans stürmten kurz vor dem Abpfiff den Platz. Im Rückspiel passierte dann das unfassbare: Nach Ende der 90 Minuten stand es 3:0 für Bukarest, auch nach 120 Minuten blieb es so. Im Elfmeterschießen gewann dann der Gast aus Bukarest mit 9:8.

Danach folgten einige erfolglose Jahre bis 2012, denn am Ende der Saison 2011/12 stand der FC Slovan Liberec zum dritten Mal an der Tabellenspitze.